Ein weiterer Kernpunkt des Positionspapiers bezieht sich auf das Prinzip der Exzellenz, welches weiterhin das entscheidende Auswahlkriterium für die EU-Forschung bleiben müsse. Exzellenz sei nicht dasselbe wie Open Science. Daher sollte die erste Programmsäule auch weiterhin den Exzellenzbegriff enthalten.

Gleichzeitig macht sich die Allianz dafür stark, die Pluralität der verschiedenen Forschungstypen und -ansätze im Nachfolgeprogramm zu gewahren. Sie betont zudem, dass die vorgesehenen Themen für Forschungsmissionen sich am Lösungsbedarf echter gesellschaftlicher und globaler Herausforderungen orientieren müssen. Der neu zu gründende Europäische Innovationsrat (EIC) wird von der Allianz begrüßt.

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