Horizont 2020 bildet die gesamte Kette von Grundlagenforschung und Innovation bis hin zum Markt ab und beschäftigt sich insbesondere mit den großen gesellschaftlichen Herausforderungen wie Gesundheit, Energie und Transport.

Horizont 2020 baut thematisch auf drei Säulen mit unterschiedlichen Schwerpunkten auf:

1. Wissenschaftsexzellenz: u.a. Förderung wissenschaftsgetriebener grundlagenorientierter Forschung durch den Europäischen Forschungsrat (ERC), der Vernetzung vorhandener Forschungsinfrastrukturen; sowie  Mobilitätsstipendien für Nachwuchswissenschaftler (Marie-Sklodowska-Curie-Maßnahmen).
2. Führende Rolle der Industrie: Förderung  u.a. von Projekten in den Bereichen, die für die Wettbewerbsfähigkeit der Industrie besonders relevant sind, sowie die gezielte Förderung von Kleinen und Mittleren Unternehmen (KMU).
3. Gesellschaftliche Herausforderungen: Förderung von  Projekten, die sich mit den großen gesellschaftlichen Herausforderungen auseinandersetzen:
   • Gesundheit, demografischer Wandel und Wohlergehen;
   • Ernährungs- und Lebensmittelsicherheit, nachhaltige Land- und Forstwirtschaft, marine, maritime und limnologische Forschung und Biowirtschaft;
   • Sichere, saubere und effiziente Energie;
   • Intelligenter, umweltfreundlicher und integrierter Verkehr;
   • Klimaschutz, Umwelt, Ressourceneffizienz und Rohstoffe;
   • Europa in einer sich verändernden Welt: integrative, innovative und reflektierende Gesellschaften;
   • Sichere Gesellschaften – Schutz der Freiheit und Sicherheit Europas und seiner Bürger

Zusätzlich umfasst Horizont 2020 die folgenden vier weiteren Teilbereiche mit bereichsübergreifenden Aspekten und Unterstützungsmaßnahmen:

1. Verbreitung von Exzellenz und Ausweitung der Beteiligung
2. Wissenschaft mit der und für die Gesellschaft
3. Gemeinsamen Forschungsstelle (Joint Research Centre, JRC)
4. Europäisches Innovations- und Technologieinstitut (EIT)